A mini implantátum tisztítása nagyon fontos annak érdekében, hogy a műgyökér élettartama minél hosszabb legyen. Az implantátum tisztítása legalább olyan fontos, mint maga a műfogsor tisztítása. Az implantátumot legalább naponta kétszer tisztítsuk meg. A tisztításhoz használjunk fogkefét, fogselymet vagy interdentális fogkefét. Alaposan el kell távolítani az ínyhez tapadt ételmaradékot, ezzel együtt az ott felhalmozódott baktériumokat. Az alapos tisztítás hiányában a baktériumok elszaporodnak a műgyökér környezetében, ami fogínygyulladáshoz vezethet. A fogíny nagyfokú gyulladása az implantátum kilazulását okozhatja, ami pedig a műgyökér elvesztéséhez vezet. Ezért mindenképpen fordítsunk nagy figyelmet a mini implantátum tisztítására, ápolására, hogy megelőzzük a fertőzések kialakulását.